Slovenský raj je domovom jaskyne Stratenská, ktorá sa nachádza na planine Duča. Spolu s prepojenou jaskyňou Psie diery dosahuje celkovú dĺžku 22 027 metrov. Táto jaskyňa je vytvorená z druhohorných strednotriasových svetlých steinalmských a wettersteinských vápencov stratenského príkrovu.
Stratenská jaskyňa je známa pre svoju veľkoleposť podzemných priestorov. Najväčší jaskynný priestor na Slovensku, rozprávkový dóm, má objem 79 017 m3. Kalcitová sintrová výzdoba jaskyne je tvorená brčkami, väčšími stalaktitmi a záclonami, ale najmä kopovitými, kuželovitými, pagodovitými a palicovitými stalagmitmi. Tiež sa tu vyskytujú kaskádovité a iné jazerné sintrové útvary. Zriedkavé sú jaskynné perly tvaru pologule (hemisféroidy), aragonitové kryštalické výrastky, kvapľové excentriká a sadrovec. Najväčšie jaskynné jazero je Stalagmitové jazero s plochou 320 m2.
V jaskyni bolo doteraz objavených 14 druhov netopierov, z ktorých sú najčastejšie netopier obyčajný (Myotis myotis) a podkovár malý (Rhinolophus hipposideros). Medzi bezstavovcami sú prítomné troglobiontné chvostoskoky Arrhopalites aggtelekiensis, Deuteraphorura kratochvili a Protaphorura janosik. V jaskyni bol tiež objavený nový druh roztoča Foveacheles troglodyta, ktorý sa považuje za endemit Slovenského raja. V podzemných vodách žije aj slepý jaskynný kôrovec Niphargus tatrensis.
Táto lokalita je tiež dôležitou paleontologickou lokalitou. Jaskyňa Psie diery, ktorá tvoria južnú časť systému Stratenskej jaskyne, obsahuje najbohatšie nálezisko kostí medveďa jaskynného (Ursus spelaeus) na Slovensku. Nálezy týchto kostí sú podľa datovania staré 15 490 až 17 530 rokov.
Stratenskú jaskyňu objavili V. Košel a J. Volek v roku 1972. Jaskyňa Psie diery bola prepojená so Stratenskou jaskyňou v roku 1994. Dlhoročný speleologický výskum a prieskum systému Stratenskej jaskyne vykonávajú jaskyniari zo Spišskej Novej Vsi.